Se stavbou městského špitálu bylo započato v roce 1362. Iniciátorem byl patrně někdo ze šlechtické rodiny pana Smila z Moravan z rodu pánů z Ladštejna nebo pan Smil sám. Z počátku 15.století se dochoval gotický polygonální přesbytář kaple, zaklenutý křížovou klenbou s vnějšími opěrnými pilíři. Z konstrukcí vlastního gotického špitálu se bohužel nedochovalo nic. Lze předpokládat, že šlo o stavení dřevěné, snadno spalitelné.
K roku 1582 se špitál označuje za téměř opuštěný. Ve špitálním kostelíku či kapli se nekonaly bohoslužby a je možné předpokládat špatný stavební stav celého objektu.
Roku 1610 byla špitální kaple znovu zařízena pro bohoslužby. Součástí obnovy bylo zřejmě i znovuvyklenutí závěrové části vrcholně gotické klenby presbytáře.
V roce 1643 poškodil špitál s kaplí požár města. Odstranění těchto škod spojené s dílčí přestavbou kaple datuje letopočtem 1656 raně barokní portálek, dnes však druhotně osazený v bočním vstupu do lodi, jejíž interiér rozčlenil podle všeho štukový pilastrový řád se slepou arkaturou na zdech.
Z velkého požáru města v roce 1681 vyšel špitální kostelík bez úhony. Vážné ohrožení však znamenal výbuch nedaleké prašné Červené věže v roce 1695. Statické poškození špitálu a kaple výbuchem je víc než pravděpodobné. Statické poruchy pak zřejmě byly důvodem stržení budovy špitálu a provedení vrcholně barokní novostavby v rozsahu dnešního ponechaného jednotraktového přízemí přední části budovy špitálu.
Špitál byl brzy rozšířen o nyní zbořenou zadní část budovy vybavenou rovněž valenými lunetovými klenbami. Stalo se tak v roce 1727, kdy je doloženo zvýšení počtu chovanců z osmi na dvanáct osob.
Zrušení pevnostní funkce města v roce 1782 znamenalo mimo jiné i zboření městských věžových bran a tedy i zboření Staroměstské brány a hradby u špitálu.
Následující stavební zásahy souvisely s postupným budováním zdejší nemocnice od roku 1797.
Impulzem k další závažnější stavební akci byl požár Vodní ulice v roce 1849. Na samém sklonku klasicismu tak bylo hlavní vstupní průčelí budovy kaple po předchozí výstavbě bočních traktů sjednoceno novou fasádou, vykazující již vliv eklektického historismu. Byla položena nová nízká sedlová střecha. Současně byly pořízeny nové střechy budovy špitálu a pod nimi zhotoveny nové ploché stropy v rozsahu celého prvního patra objektu dobudovaného nad barokním přízemím špitálu v předešlých padesáti letech.
Osmdesátá léta 20. století datují unáhlené zboření východní části budovy špitálu ale také pokračující chátrání zbylé části souboru, ketrý je neodmyslitelnou součástí historické zástavby města a stěžejním článkem východní fronty Vodní ulice.
V devadesátých letech došlo k zásadnímu regeneračnímu zásahu.
Objekt je nemovitou kulturní památkou.